進料加工貿易中，進口料件和出口成品是兩筆獨立的交易，進料加工的企業(yè)需自籌資金從國外購入料件，然后自行向國外市場銷售，而裝配加工貿易則進、出為一筆交易的兩個方面料件和成品的所有權均同委托方所有，承接方無需支付進口費用也不承擔銷售風險。
進料加工貿易中，企業(yè)所獲得的是出口成品的利潤，利潤的大小取決于出口成品的市場行情、而加工裝配貿易，承接方收取的是工繳費，工繳費的大小以勞動力的費用，即工資水平作為核算基礎。兩者相比，進料加工貿易的收益大于加工裝配貿易，但風險也較大。
進料加工貿易，企業(yè)有自主權，根據自身的技術、設備和生產能力，選擇市場上所適銷商品進料加工。而加工裝配貿易，則由委托方控制生產的品種、數量和銷售地區(qū)。